广西空间转录组有什么用

本文利用空间转录组学研究了在AD小鼠模型中，淀粉样斑块周围直径为100mm的组织域中发生的转录变化。发现了富含髓鞘和少突胶质细胞基因（OLIGs）的基因共表达网络的早期改变，而斑块诱导的基因（PIGs）的多细胞基因共表达网络涉及补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症，在疾病的后期非常突出。此外作者通过对小鼠和人脑切片进行原位测序（ISS），证实了大多数观察到的细胞水平的变化。空间转录组学分析为探究AD和其他脑部疾病致病特征附近失调的细胞网络提供了可能。空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。广西空间转录组有什么用

BayesSpace是一种基于空间转录组模型的聚类方法，通过对基因表达矩阵的低维表示进行建模并通过空间先验鼓励相邻点属于同一簇来实现空间聚类。与以前的方法相比，BayesSpace允许对聚类结构和错误项进行更灵活的规范。BayeSpace通过***使用的Bioconductor SingleCellExperiment数据结构将预处理数据作为输入，无缝集成到空间转录组分析工作流中，输出同样存储在SingleCellExperiment对象中，该对象可用于下游分析。BayesSpace增强的空间聚类提供了一个更高分辨率的组织类型图。值得注意的是，增强后的空间聚类识别了沿**边界的淋巴组织区域和可能的免疫浸润到**中的区域，这些区域在原来的分辨率下是无法辨别的。广西空间转录组有什么用通过培训系统掌握空间转录组测序原理和方案设计思路，助力科学研究。

空间转录组技术包含两种芯片，分别为组织优化芯片（Tissue Optimization）和基因表达芯片（Library Preparation）。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间，基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域，每个区域大小为 6.5mm×6.5mm，每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇，称为 barcoded spots，每个 spot 直径为 55um，包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列，相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。

Visium空间转录组能够做何种组织类型以及推荐切片厚度是什么？10X Genomics测试过很多组织类型，绝大多数都可以用于空间转录组的分析。下图是他们官网上测试过的组织类型的列表，测试过的组织都可以运用在空间转录组的分析上面。但建议用户用基因表达玻片做正式实验前，务必用组织优化的玻片测试一下，看组织能否用于空间转录组的实验，同时也找到比较好的组织通透时间。切片厚度基本上以10µm为主，但也有少量组织例外。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组技术重点为特殊的载玻片。

空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时，多角度测量转录组谱。然而，现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace，这是一种完全贝叶斯统计方法，它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。基准测试证明BayesSpace在识别具有相似表达谱的空间簇和提高空间转录组学分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空间信息进行表达数据聚类的挑战，又克服了目前空间转录组技术分辨率有限的问题。有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义等。广西空间转录组有什么用

Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq。广西空间转录组有什么用

空间转录组的方法和技术有哪些？广义上讲，现有的生成空间分辨转录组学的方法可分为四类：用于空间重建的计算策略和组学实验的组合，使用激光捕获显微切割（LCM）结合高通量进行直接测量，使用荧光物质的基于图像的原位转录组学 ，以及基于寡核苷酸的空间条形码再加上高通量。每种方法都有其优点和缺点。空间重构的计算策略：这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。基于LCM的方法：基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中，可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学：基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量：费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。广西空间转录组有什么用

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